吳育仁教授自2014年進入中央大學機械系任教,持續在「齒輪設計與製造」、「螺桿式壓縮機/泵之設計與分析」及「機械系統非線性動力學」領域深入發展相關理論及技術,更長期與國內知名企業密切合作,協助開發齒輪及壓縮機相關客製化設計及加工程式、建立機械系統動力學分析模型,以協助業者縮短研發時程及評估產品性能。2009年大學任教至今,擔任主持人(不含共同主持人)共執行30件以上產學合作研究計畫、19件科技部計畫,總金額達4,040萬元以上。至今發表19篇SCI期刊(12篇Q1、5篇Q2、2篇Q3),皆為第一或通訊作者。研究表現獲109年度科技部「吳大猷先生紀念獎」、108與109學年度中央大學「研究傑出獎」、110學年度中央大學「羅家倫校長年輕傑出研究獎」之肯定。
近幾年致力研發精密齒輪加工技術,在珩齒(Gear honing)研究方面,基於多軸CNC內嚙合珩齒機發展多項創新加工技術,包括:雙鼓型修整(Dual lead-crowning)、齒面抗扭曲(Anti-twist)及閉迴路齒面拓樸修整(Topology modification)之珩齒技術,產出3篇Mechanism and Machine Theory (機械設計領域最主要SCI期刊)、指導學生榮獲2020年中國機械工程學會「博士論文獎」第一名。在磨齒(Gear grinding)研究方面,2019獲得三年期科技部「優秀年輕學者研究計畫」,提出CNC磨齒機上控制齒面磨削紋理之方法,用以降低齒面嚙合高頻噪音,此成果在2021年獲得第17屆「上銀機械碩士論文金質獎」殊榮,更授權1項技術予上銀集團、簽訂2年產學合作計畫。在螺桿壓縮機/泵之研究方面,至今已與漢鐘集團已建立11年長期合作關係,協助進行壓縮機及真空泵之螺桿轉子齒廓設計、幾何最佳化、受力分析、間隙設計(1件國內發明專利)及刀具加工模擬,提供工程師快速設計及評估壓縮機性能之整合性專業程式,2014年成功協助開發環保節能之新世代RE冷媒壓縮機,多項成果刊登於International Journal of Refrigeration及Vacuum (製冷及真空最主要SCI期刊)。而在非線性動力學之研究方面,發表1篇Nonlinear Dynamics (力學領域前5.2%),為國際上首次應用「多體動力學」及「離散元素法」雙向耦合分析技術於「具阻尼顆粒齒輪系統之振動抑制研究」,此外,更成功實驗證明阻尼顆粒可同時達到轉子動平衡設計並降低振動,此技術已獲1件發明專利。